Pada babak penyisihan grup, Borneo FC tergabung dalam grup D bersama tuan rumah PSS Sleman, Persija Jakarta dan Madura United. Borneo FC dipertandingan pertama akan melawan Madura United, pada 5 Maret 2019 pukul 19.30 WITA.
Dilanjutkan pertandingan kedua melawan PSS Sleman pada 10 Maret 2019, pukul 19.30 WITA. Sebelum akhirnya menutup babak penyisihan dengan bersua juara Liga 1 2018, Persija Jakarta, 15 Maret 2019, pukul 16.30 WITA. Seluruh pertandingan akan dilaksanakan di Stadion Maguwoharjo Sleman.
Jika mampu lolos dari babak penyisihan, Borneo FC akan bermain di babak 8 besar dengan memakai sistem single match, dimana klub dengan peringkat terbaik di grup penyisihan ditunjuk sebagai tuan rumah. Selanjutnya, di babak semifinal dan final akan memakai sistem home away. (TAN)
