Borneo Football Club adalah klub Sepak Bola profesional di Kota Samarinda, Provinsi Kalimantan Timur. Klub ini dimiliki oleh H. Nabil Husein Said Amin. Borneo FC didirikan pada 7 Maret 2014.


2014
Kiprah Borneo FC di Liga Indonesia dimulai pada tahun 2014, saat berkompetisi di Divisi Utama. Klub yang memiliki julukan Pesut Etam ini sukses promosi sekaligus menjadi juara pada kompetisi kasta kedua tersebut. Di babak final ini, Borneo FC mengalahkan Persiwa Wamena 2-1. Keikutsertaan Borneo FC pada kompetisi ini didapat setelah sebelumnya melakukan akuisisi terhadap klub Perseba Super Bangkalan.


2015
Borneo FC mengawali kiprah perdana berkompetisi di level tertinggi Sepak Bola Indonesia dengan mengikuti Indonesia Super League 2015 atau dikenal dengan QNB League. Namun, kompetisi ini hanya memainkan dua pertandingan setelah PSSI sebagai induk organisasi tertinggi Sepak Bola Indonesia di banned oleh Kementerian Pemuda dan Olahraga (Kemenpora) Republik Indonesia. Ditahun yang sama, Borneo FC mengikuti Piala Presiden 2015, pada pergelaran ini perjalanan Borneo FC terhenti di babak 8 besar. Masih di tahun yang sama, Borneo FC kembali mengikuti Piala Jenderal Sudirman. Pada ajang yang diikuti oleh tim terbaik di Indonesia itu, Borneo FC hanya mampu menembus babak semifinal.


2016
Borneo FC kembali menambah koleksi trofi setelah tampil sebagai juara Piala Gubernur Kaltim 2016 dengan mengalahkan Madura United 1-0 di babak final lewat perpanjangan waktu. Beberapa hari kemudian, Borneo FC kembali mengikuti turnamen Piala Bhayangkara di Bandung, pada keikutsertaan ini Borneo FC gagal lolos dari fase grup.

Di tahun yang sama, kompetisi tidak resmi bertajuk Indonesia Soccer Championship (ISC) A atau dikenal dengan Torabika Soccer Championship (TSC) A digelar. Dalam kiprahnya, Borneo FC di akhir kompetisi berada di peringkat ke-9.


2017
Borneo FC mampu menuai hasil membanggakan di awal tahun 2017, berkompetisi di ajang pra musim bertajuk Piala Presiden, Pesut Etam mampu menembus babak final. Namun, kekalahan 5-1 di babak final melawan Arema FC memupus harapan Borneo FC merengkuh trofi ketiga. Di tahun yang sama, Liga 1 2017 digulirkan. Ini merupakan kompetisi resmi pertama bagi Borneo FC setelah promosi pada tahun 2014 lalu. Pada kompetisi Liga 1 2017 atau yang terkenal dengan nama Gojek Traveloka Liga 1 2017 ini Pesut Etam finish di peringkat ke-8.


2018
Borneo FC gagal mempertahankan predikat sebagai juara bertahan di Piala Gubernur Kaltim (PGK) 2018 setelah hanya mampu menembus babak semifinal di ajang pra musim bergengsi di Indonesia ini.